В то время как действие трех предыдущих эпизодов серии "X-Men" происходило в не слишком отдаленном будущем, основная сюжетная линия "X-Men Origins: Wolverine" – как первая глава саги - разворачивается до событий, описанных в этих фильмах, в не слишком отдаленном прошлом, где-то в 70-х.

Основная сюжетная линия "X-Men Origins: Wolverine" начинается с того, что Логан пытается забыть свое мрачное прошлое, работая лесорубом в далеких Канадских скалистых горах. В первый раз за свою очень долгую жизнь найдя любовь и умиротворение, Логан живет в кажущейся идиллии со школьной учительницей Кайлой Сильверфокс. Он максимально далек от прошлого, от которого он так долго пытался убежать. Благодаря Кайле Логан начинает по-другому воспринимать конфликт между своей природой человека и мутанта. Их отношения приводят к тому, что он делает попытку залечить старые раны и переживает все последствия и опасности любви. Но пока Логан ищет покоя, которого у него не было более ста лет, мир, от которого он пытается убежать, продолжает напоминать о себе.